首次进入『Story Mode』，又再看到一段华丽异常的动画，这是前作没有的。这段动画介绍了游戏世界的背景跟历史，把浩瀚的宇宙，SEED带来的灾劫，人类的抗争，还有宇宙生态的继续繁衍都很细致地呈现出來，不得不称赞制作组的用心良苦。　　

　　进入故事模式以后，重要的主线剧情还是有制作精美的动画。让整个故事更加大气跟便于理解。